Сельцом Малышково по Генеральному межеванию в 1773 г. владел А.Ф. Мошков. Вероятно оно имело более древнее происхождение, т.к. владения Мошковых в Костромском Заволжье отмечены еще в документах начала XVII в.

В конце XVIII в. в селении имелись пруд, деревянный господский дом, 8 крестьянских дворов. В первой половине XIX в. усадьбой владели Карцевы, выстроившие здесь сохранившийся до настоящего времени деревянный одноэтажный с мезонином дом и заложившие ныне существующий парк.

Около 1900 г. земли деревни Малышково были разделены на 7 участков, принадлежавших разным землевладельцам. Основная часть принадлежала владельцам усадьбы, Борщовым, среди других владельцев были потомственная почетная гражданка А.Н. Михина, общество крестьян деревень Малышково и Становщиково и др. В начале ХХ в. в Малышкове располагались лесопильный завод и склад Торгово-промышленного товарищества Петра Свешникова с сыновьями, кирпичный завод. В 1903 г. на землях Михиных был выстроен деревянный маслобойный завод по переработке льняного семени, а неподалеку от него крахмало-терочный завод Бакакина.

Достопримечательностью Малышкова была метеостанция, открытая здесь в 1883 г. В 1937 г. она была переименована в агрометеорологическую станцию. В июле 1940 г. поселок Малышково вошел в городскую черту. В 1957 г. были образованы Малышковская улица и одноименный проезд, включившие основную часть бывшего поселка. В настоящее время историческая застройка Малышкова представлена усадьбой Карцевых.