Памятник располагается в границах Ипатьевского монастыря. Ипатьевский монастырь впервые упоминается в древнерусских летописях под 1435 г. в связи с подписанием здесь мирного договора между Василием Темным и Василием Косым. К 1442 г. относится первая жалованная грамота Василия Васильевича Ипатьевскому монастырю о передаче по просьбе инока игумена Феогноста права на перевоз через р. Кострому. Дореволюционная историография возникновение монастыря относила к 1330 г., ссылаясь на предание о явлении на месте будущей обители заболевшему татарскому мурзе Чету Божией Матери с апостолом Филиппом и священномучеником Ипатием Гангрским, обещавшей мурзе исцеление в случае принятия им крещения. Согласно легенде, татарский мурза, исцелившись, благополучно добрался до Москвы, принял православие с именем Захарий и, вернувшись на место явления ему Богородицы, принял постриг, основал монастырь в честь Ипатия Гангрского, построив церковь во имя Троицы в день явления ему образа Божьей Матери.

На территории монастыря проводились незначительные археологические работы. Археологические наблюдения за ремонтно-реставрационными работами в начале 1970-х гг. были выполнены Н.М. Булатовым. В ходе археологических работ на месте предполагаемого строительства выгребного колодца на подворье Нового города с запада от “корпуса над погребами” было зафиксировано 7 погребений конца XVII-XVIII вв. В переотложенном слое обнаружена серая ранняя керамика с линейно-волнистым орнаментом, датированная XIII в. Археологические материалы позволяют говорить о начале формирования археологического культурного слоя на месте монастыря, начиная с эпохи неолита. Начало средневекового периода заселенности участка следует относить к XIII в. Некоторые исследователи считают возможным относить время основания монастыря ко 2-й пол. XIII в. – времени великого княжения Василия Ярославича. Однако, по нашему мнению, в настоящее время нет никаких оснований связывать время основания монастыря с единичными находками этого времени.

Монастырь располагается на мысу первой надпойменной террасы правого берега р. Костромы, образованном ее руслом и впадающей в нее волжской протокой Игуменкой. В настоящее время пойма р. Волги и Костромы затоплена Горьковским водохранилищем, прежнее русло последней, по существу, превратилось в старицу и визуально монастырь располагается вблизи от места ее впадения в р. Волгу. До затопления поймы Горьковским водохранилищем устье р. Костромы находилось в 2 км к ЮВВ от монастыря, в 200 м к З от русла р. Костромы, в 20 м от уровня воды в последней в летний период. С юга от монастыря терраса изрезана волжскими протоками, ближняя из которых к южной стене монастыря в настоящее время именуется Игуменкой. С северной стороны монастыря не позднее XIV в. сложилась сухопутная дорога в продолжении Мшанской ул. через перевоз на Ярославль и Москву. Впервые о нахождении под северной стеной монастыря дороги на Ярославль и Москву говорится лишь в начале XVII в. в связи с событиями Смутного времени. Не случайно с утверждением регулярного плана спрямленная Мшанская ул. получает название Московской. Первый этап строительной истории монастыря практически не исследован из-за отсутствия археологических и исторических источников, характеризующих его. В целом он характеризуется деревянной застройкой. Нет никаких свидетельств относительно особенностей фортификационных укреплений, если таковые и существовали, местонахождении и характере культовых построек. Каменное строительство в монастыре, по всей видимости, начинается во 2-й пол. XVI в. В 1590-1595 гг. были построены каменные стены т.н. Старого города с четырьмя угловыми башнями и тремя воротами. В 1642-1645 гг. с запада от Старого города возводятся укрепления т.н. Нового города с двумя дополнительными угловыми башнями и одной воротной.

В южной части Нового города во 2-й пол. XVII - XVIII в., как показали археологические исследования, находился монастырский некрополь. Монастырский некрополь, кроме южного угла Нового города, занимал и юго-восточный угол Старого города. Кроме того, как показали археологические наблюдения в ходе закладки геологических шурфов, захоронения находились в алтарной части Троицкого собора и в его приделе в честь Михаила Малеина. Под папертью Троицкого собора и в алтарной части церкви Рождества Богородицы находились захоронения Годуновых.

Лит.: Костромские губернские ведомости. Кострома, 1855. №49; Островский П. Историко-статистическое описание Костромского первоклассного кафедрального Ипатьевского монастыря. Кострома, 1870. С. 11, 85; Зверинский В.В. Материалы для историко-топографического исследования о православных монастырях в Российской империи. СПб., 1892. Т. II. С. 148; Сырцов И.Я. Усыпальницы бояр Годуновых в Костромском Ипатьевском монастыре // Труды Ярославского областного съезда исследователей древностей Ростово-Суздальской области. М., 1902; Памятники архитектуры Костромской области. Вып. 1. Ч. 3. Кострома, 1998, С. 5.